Roronoa Zoro är den mäktigaste kaptenen bland Mugiwara tillsammans med Sanji, särskilt tack vare sin träning med Mihawk under 2 år efter händelserna som skilde Luffys besättning.
Under sin träning lärde Zoro även av Mihawk hur man impregnerar sina svärd med Haki av Busoshoku. Till Zoros stora ogillande förbjöd Mihawk honom att dricka alkohol tills han hade bemästrat det.
Zoro efter sina 2 års träning
Efter två års träning återvände Zoro (med hjälp av Perona) till Sabaody-arkipelagen. Shakky berättade för honom att han var den första att återvända. Han gick för att träffa en fiskare och sa att han var uttråkad och ville fiska, och råkade av misstag gå ombord på ett piratskepp istället för fiskarens båt (även om den stora skillnaden är att fiskarens båt är en gummibåt och piraternas ett galeon). Senare somnade han och fiskaren kunde inte väcka honom medan skeppet sjönk. Sanji hittade honom när skeppet kom upp igen, sittande på en av de trasiga masterna efter att ha skurit skeppet i två med sitt svärd (liknande Mihawks). Zoro sa till de otursamma piraterna att skylla på ödet för deras närvaro på deras skepp. Han förklarade sedan av en slump att han hade valt fel båt.
Sanji förklarade argt att det skulle vara besvärligt för besättningen att leta efter honom om han går vilse och tvingar honom att återvända till Sunny. Zoro rangordnade sedan Sanji i ordningen han kom (nr 7), till Sanjis stora förtret. De två inleder sedan sin vanliga strid, med Zoro hotande att skära igenom Sanji.
Efter att ha fått ett samtal från Franky informerar Sanji Zoro om var mötesplatsen för Straw Hats är, som är i Grove 42. De hör också ett ljud från en närliggande skog. När de går för att se vad det är hittar de Luffy där med marina, Pacifista och False Luffys besättning med halmhatt. Efter att snabbt ha besegrat en Pacifista och kort diskuterat vilken attack som verkligen besegrade den, stöter Zoro och Sanji återigen på Luffy. Luffy, Zoro och Sanji återvänder sedan till skeppet. På vägen träffar de Rayleigh. När Luffy berättar för Rayleigh att han kommer att bli piratkung ler Zoro tillsammans med Sanji.
När Luffy, Zoro och Sanji återvänder till Sunny möter de marina som blockerar deras väg. Perona hjälper dem genom att skrämma iväg marina med sitt Hallow negativo. När Zoro frågar Perona varför hon fortfarande är där blir Perona arg på honom och tillsäger honom för att prata så om någon som var vänlig nog att ta henne till Sabaody. Därefter återvänder Zoro, Luffy och Sanji till skeppet med hjälp av Chopper och en gigantisk fågel. Marina hålls tillbaka av deras nya allierade när besättningen seglar i sitt belagda skepp och styr mot Fiskmännens ö.
Zoros träning bär frukt under Fiskmännens ö-bågen
Medan besättningen beundrar det omgivande havet förklarar Zoro bara att han redan har sett det eftersom han redan oavsiktligt har klättrat ombord på ett belagt piratskepp. Sanji förebrår sedan Zoro för att förstöra stunden. Han förbereder sig sedan för att fånga en fisk med sitt svärd, men besegras komiskt av Usopp och Chopper. När Luffy försöker fånga en fisk igen föreslår han en annan tävling, men förlorar oundvikligen. Besättningen lyssnar sedan på vad Franky har att säga om Kuma medan de äter de bentos som Luffy har tagit med. Zoro börjar undra över Kumas verkliga avsikter eftersom han fortfarande har tvivel.
Med sin sjöko nådde Caribou-piraterna snabbt Straw Hats och förberedde sig för strid. Caribou hoppar ombord på Sunny. Innan hans besättning kan följa efter honom visar det sig vara Momoo, som flydde efter att ha sett Nami, Sanji och Luffy och lämnade Caribou bakom. Zoro förhör sedan Caribou om han är kapten för den besättningen, och Caribou knäböjer, böjer huvudet och låtsas frenetiskt vara ett olyckligt offer och inte en pirat. Med det avklarat seglar Straw Hats genom undervattensströmmarna. När de når ”undervattensfallet” stöter de på Kraken. När Zoro ser Kraken förstöra Caribous skepp märker han att Caribous besättning liknar maneter, mycket till Caribous förtret. Sedan utrustar sig Zoro, Luffy och Sanji och slåss mot Kraken till havs. Under striden skar Zoro av en av Krakens tentakler, mycket till Luffys förtret. Luffy, Zoro och Sanji besegrar snabbt Kraken, men skiljs från skeppet när de åker nerför ”undervattensfallet”.
Luffy tämjar framgångsrikt Kraken och kallar honom Surume. Tyvärr hade beläggningen av Luffy och Sanji brutits, så Zoro var tvungen att dela med sig av sin. Efter några efterforskningar hittade Luffy, Zoro och Sanji äntligen Thousand Sunny och resten av Straw Hats i tid för att bli räddade av Surume från en Umibouzo.